Vuonna 1961 Bertel Ekengren perusti rakennesuunnitteluun keskittyneen Insinööritoimisto Bertel Ekengren Ky:n. Toimisto kehittyi haastavien betonirakenteiden suunnittelijaksi ja monet arvostetut arkkitehdit käyttivät toimiston palveluita. Alkuvuosien tärkeimpiä rakennesuunnittelukohteita olivat mm. Helsingin Kaupunginteatteri, Sibelius-monumentti, Ratinan stadion Tampereella sekä Weilin & Göösin painotalo, jonka modernit rakenteet puhuttelevat edelleen nykyisen Näyttelykeskus WeeGeen muodossa.
1960-luvun lopulla yhtiöön hankittiin yksi Suomen ensimmäisistä tietokoneista ja suunniteltiin ohjelmisto, jolla voitiin laskea rakennusliikkeiden palkat. Liiketoiminta sujui hyvin, kunnes ensimmäisen rakennusliikkeen työntekijämäärä kasvoi yli tuhannen. Tällöin ohjelma tuotti väärät laskelmat ja yhtiö joutui maksamaan suuret vahingonkorvaussakot. Yhtiössä päätettiin palata taas perusliiketoimintaan eli rakennesuunnitteluun.
1970-luvulla yhtiö otti kokonaisvastuun rakennusten suunnittelusta (rakenne-, arkkitehtuuri-, LVI- sekä sähkösuunnittelu). Suunnittelukohteita olivat muun muassa Helsingin Messukeskus, Wärtsilän kuivatelakka sekä Wihuri Sanduddin tapettitehdas. 1970-luvun lopulla käynnistyivät myös yhtiön ulkomaanprojektit. Yli sata projektia toimitettiin muun muassa silloiseen Neuvostoliittoon, Kazakstaniin, Bahrainiin sekä Etiopiaan.
1980-luku oli EKE-Yhtiössä kasvun ja suurten idän-rakennusprojektien aikaa. Kasvanut työntekijäjoukko suunnitteli ja toteutti tehtaita, sairaaloita ja kokonaisia asuinkyliä eri puolilla Neuvostoliittoa. Kotimaassa saneerattiin vanhoja rakennuksia (muun muassa Ateneum) ja aloitettiin pientalorakentaminen.
Konserni laajensi toimintaansa elektroniikkaan ja automaatioon. Idän rakennusprojekteissa tarvittiin automaatio-osaamista, kun rakennettavien tehtaiden tuotantolinjat piti saada automatisoitua. Valtionrautateiltä EKElle töihin tullut nuori insinööri keksi, että prosessilaitteiden yhdistämisessä käytettyä väyläteknologiaa voitaisiin soveltaa myös juniin. EKE Trainnetiä alettiin kehittää yhdessä VR:n kanssa.
Bertel Ekengrenin usko elektroniikkatoimialan kehitykseen oli niin suuri, että konserniin hankittiin 400 hehtaarin maa-alue elektroniikka-alan teollisuuspuistoa varten. Sundsbergin alue sijaitsee vain 20 km päässä Helsingin keskustasta. Alueen suunnittelu aloitettiin, mutta kunnan kaavoitusviranomaiset eivät innostuneet hankkeesta.
1990-luku oli suurten muutosten aikaa EKE-Yhtiöissä. Neuvostoliiton hajoaminen lopetti suuret itään suuntautuneet rakennushankkeet maassa. Konsernin rakennustoiminta siirtyi Kazakstaniin, joka alkoi öljyvarallisuutensa turvin kehittää infrastruktuuriaan. Maahan suunniteltiin ja toteutettiin muun muassa voimalaitos, vesilaitos ja leipomo. Maksu rakennusprojekteista saatiin öljynä. Korkealuokkaisen öljyn kuljetukseen hankittiin oma öljyvaunukalusto, jolla öljyä kuljetettiin muun muassa Suomeen. Myöhemmin öljyä alettiin ostaa myös Venäjältä, ja öljytrading nousi konsernin liikevaihdoltaan suurimmaksi liiketoiminnaksi.
EKE-Elektroniikka Oy aloitti kansainvälistymisensä voittamalla projektit Englannin kanaalitunnelijunasta ja Lontoon metrosta.
Sundsbergin alueen kaavoitus ei edennyt, mutta yhtiö jatkoi asuntorakentamista muilla alueilla.
Vuosikymmenen loppupuolella Venäjän öljykauppa siirtyy suurten toimijoiden käsiin ja EKEn öljyvaunut annetaan vuokralle. Suomen puuteollisuudella on suuri pula koivupuusta, jota Venäjän Karjalassa on runsaasti tarjolla, mutta kuljetus on ongelma. Kun EKEllä on jo rautatielogistiikan ja operoinnin hallitseva organisaatio Moskovassa, päätetään hankkia 800 puuvaunua Suomen puuteollisuuden kuljetuksiin.
2000-luvun alussa Sundsbergin alueen kaavoitus viimein etenee – pääkaupunkiseudulle muuttaa yhä enemmän asukkaita, ja radan varressa oleva Sundsbergin alue todetaan yhdeksi pääkaupunkiseudun parhaimmaksi asumisen laajentumissuunnaksi.
Noin 2 600 asukkaan Sundsbergin Kartanorannan aluetta päästään suunnittelemaan ja rakentamaan. Kylämäisyydestään ja aktiivisesta asukastoiminnastaan tunnetuksi tulleesta Sundsbergistä rakentuu Suomen laajin puutaloalue, ja se valitaan Suomen neljänneksi parhaaksi asuinalueeksi vuonna 2009. Samana vuonna aloitetaan Sundsbergin keskusta-alueen noin 300 hehtaarin alustava suunnittelu yhdessä muiden maanomistajien, kunnan ja Tekesin kanssa.
Vuonna 2004 alkoi pientaloaluerakentaminen myös Virossa. IBE Estonia Oü rakentaa korkealaatuisia pien-, pari- ja omakotitaloalueita Tallinnaan. Suurimmalla pientaloalueellamme Uuesalussa vaalitaan kyläpäällikön johdolla samaa kylähenkeä kuin Sundsbergissäkin.
Latviassa SIA EKE-Latvia aloitti maanhankinnan ja asuntorakentamisen vuonna 2006.
Yhtiön pitkään omistamalle tontille Helsingin lentokentän viereisellä Aviapolis-alueella jatketaan logistiikkatalojen rakentamista. Talot suunnitellaan pitkäaikaisten vuokralaisten tarpeen mukaisesti.
EKE-Elektroniikka Oy laajentaa liiketoimintaansa Euroopan muihin maihin, Australiaan, Kiinaan ja Hong Kongiin. Yhtiö lanseeraa uuden ip-sukupolven junanhallintajärjestelmänsä ja voittaa historiansa suurimman projektin Australian Sydneyn lähiliikennejuniin. Yhtiö saneeraa myös Brasilian Sao Paolon metroa maailman ensimmäisiksi ip-pohjaisen junanhallintajärjestelmät omaavaksi metroksi.
Perheyritystaustaisessa konsernissa toteutetaan sukupolvenvaihdosta liiketoiminta kerrallaan. Venäjään suurella tunteella suhtautuva EKE-Yhtiöiden perustaja Bertel Ekengren haaveilee vielä yhdestä rakennusprojektista Venäjällä. Kun ostettavaksi tarjotaan tontti Pietarin kansainvälistä lentokenttää vastapäätä, alkaa kiivas suunnitteluperiodi, jossa otetaan taas käyttöön betonirakenteiden rakennesuunnittelun nykyaikaisimmat ratkaisut. Business Center Pulkovo Sky otetaan käyttöön syksyllä 2009. Maailmanlaajuinen taantuma koettelee kovasti Pietarin toimistomarkkinoitakin, mutta Pulkovo Skyn suomalaishenkiset tehokkaat tilaratkaisut, korkea teknologia, hyvä sijainti ja luottamusta herättävä palvelu auttavat saamaan vuokralaisia parhaimmat. Tänä päivänä Pulkovo Sky on yksi Pietarin halutuimmista bisneskeskuksista. Keskuksen toimistotilat ovat sataprosenttisesti täynnä, ja tärkeimpinä vuokralaisina on tunnettuja venäläisiä yhtiöitä, kuten esimerkiksi Gazprom, Sberbank ja Business Lines.
Kesällä 2013 yhtiö osti Pietarin Vasilinsaarelta hehtaarin kokoisen maa-alueen asuntorakentamista varten. Tontille on rakennettu 24 000 neliömetriä asuntoja ja muita tiloja. Kohteen erityispiirteenä ovat sen arkkitehtoniset ratkaisut: rakennusten 18. linjan suuntaiset julkisivut muistuttavat tyyliltään 1800-luvun vuokra-asuintaloja, ja sisäpihan julkisivut edustavat nykyaikaista skandinaavista tyyliä. Rakennustyöt aloitettiin vuoden 2016 alussa ja kohde valmistui syksyllä 2018.
